Same logic would have boxed God in the Jerusalem temple.
Church/believers are God's temple — that does not confine substance to them alone.
Latin
XXIV. Quod autem Vorstium, & paucos quosdam movit ut essentiae divinae magnitudinem limitarent, & Dei substantiam caelo inclusam esse opinarentur, sunt multa Scripturae loca ubi caelum terrae oppositum describitur tanquam Dei habitaculum & locus in quo residet. Sicut id quod legitur Psal. 115. Caeli caelorum Domino, terram autem dedit filiis hominum. Et Psal. 123. Ad te levavi oculos qui habitas in caelis. Sed si ideo putandum est Dei substantiam caelo contineri, & extra caelum non esse, quoniam Deus dicitur peculiariter habitare in caelo: pari ratione concludendum erit Deum olim inclusum fuisse templo Hierosolymitano: quoniam saepe quoque dicitur Deus templum istud elegisse tanquam domum & sedem in qua habitaret. Et praeterea, tam tota Ecclesia conjunctim, quam singuli fideles seorsim, vocantur in Sacra Scriptura Dei templum, in quo etiam Deus dicitur habitare. Et tamen quis inde colliget Deum per substantiam alibi praesentem non esse, quam in Ecclesia & illius membris?